A single-cell gene expression language model

Genomics of drug sensitivity in cancer (GDSC): a resource for therapeutic biomarker discovery in cancer cells

W. Yang, J. Soares, P. Greninger, E. J. Edelman, H. Lightfoot, S. Forbes, N. Bindal, D. Beare, J. A. Smith, I. R. Thompson, S. Ramaswamy, P. A. Futreal, D. A. Haber, M. R. Stratton, C. Benes, U. McDermott, and M. J. Garnett · 2013

Earlier work this paper cites.

STRING v10: protein-protein interaction networks, integrated over the tree of life

D. Szklarczyk, A. Franceschini, S. Wyder, K. Forslund, D. Heller, J. Huerta-Cepas, M. Simonovic, A. Roth, A. Santos, K. P. Tsafou, M. Kuhn, P. Bork, L. J. Jensen, and C. von Mering · 2015

Earlier work this paper cites.

Deep residual learning for image recognition

K. He, X. Zhang, S. Ren, and J. Sun · 2016

Earlier work this paper cites.

Language models are Few-Shot learners

T. B. Brown, B. Mann, N. Ryder, M. Subbiah, J. Kaplan, P. Dhariwal, A. Neelakantan, P. Shyam, G. Sastry, A. Askell, S. Agarwal, A. Herbert-Voss, G. Krueger, T. Henighan, R. Child, A. Ramesh, D. M. Ziegler, J. Wu, C. Winter, C. Hesse, M. Chen, E. Sigler, M. Litwin, S. Gray, B. Chess, J. Clark, C. Berner, S. McCandlish, A. Radford, I. Sutskever, and D. Amodei · 2020

Cited alongside, same era.

Tumor and immune reprogramming during immunotherapy in advanced renal cell carcinoma

K. Bi, M. X. He, Z. Bakouny, A. Kanodia, S. Napolitano, J. Wu, G. Grimaldi, D. A. Braun, M. S. Cuoco, A. Mayorga, L. DelloStritto, G. Bouchard, J. Steinharter, A. K. Tewari, N. I. Vokes, E. Shannon, M. Sun, J. Park, S. L. Chang, B. A. McGregor, R. Haq, T. Denize, S. Signoretti, J. L. Guerriero, S. Vigneau, O. Rozenblatt-Rosen, A. Rotem, A. Regev, T. K. Choueiri, and E. M. Van Allen · 2021

Cited alongside, same era.

Biological structure and function emerge from scaling unsupervised learning to 250 million protein sequences

A. Rives, J. Meier, T. Sercu, S. Goyal, Z. Lin, J. Liu, D. Guo, M. Ott, C. Lawrence Zitnick, J. Ma, and R. Fergus · 2021

Cited alongside, same era.

Perceiver IO: A general architecture for structured inputs & outputs

Original

A. Jaegle, S. Borgeaud, J.-B. Alayrac, C. Doersch, C. Ionescu, D. Ding, S. Koppula, D. Zoran, A. Brock, E. Shelhamer, O. Hénaff, M. M. Botvinick, A. Zisserman, O. Vinyals, and J. Carreira

Cited in the paper.

Perceiver: General perception with iterative attention

A. Jaegle, F. Gimeno, A. Brock, A. Zisserman, O. Vinyals, and J. Carreira

Cited in the paper.

The tabula sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans

Tabula Sapiens Consortium*, R. C. Jones, J. Karkanias, M. A. Krasnow, A. O. Pisco, S. R. Quake, J. Salzman, N. Yosef, B. Bulthaup, P. Brown, W. Harper, M. Hemenez, R. Ponnusamy, A. Salehi, B. A. Sanagavarapu, E. Spallino, K. A. Aaron, W. Concepcion, J. M. Gardner, B. Kelly, N. Neidlinger, Z. Wang, S. Crasta, S. Kolluru, M. Morri, A. O. Pisco, S. Y. Tan, K. J. Travaglini, C. Xu, M. Alcántara-Hernández, N. Almanzar, J. Antony, B. Beyersdorf, D. Burhan, K. Calcuttawala, M. M. Carter, C. K. F. Chan, C. A. Chang, S. Chang, A. Colville, S. Crasta, R. N. Culver, I. Cvijović, G. D’Amato, C. Ezran, F. X. Galdos, A. Gillich, W. R. Goodyer, Y. Hang, A. Hayashi, S. Houshdaran, X. Huang, J. C. Irwin, S. Jang, J. V. Juanico, A. M. Kershner, S. Kim, B. Kiss, S. Kolluru, W. Kong, M. E. Kumar, A. H. Kuo, R. Leylek, B. Li, G. B. Loeb, W.-J. Lu, S. Mantri, M. Markovic, P. L. McAlpine, A. de Morree, M. Morri, K. Mrouj, S. Mukherjee, T. Muser, P. Neuhöfer, T. D. Nguyen, K. Perez, R. Phansalkar, A. O. Pisco, N. Puluca, Z. Qi, P. Rao, H. Raquer-McKay, N. Schaum, B. Scott, B. Seddighzadeh, J. Segal, S. Sen, S. Sikandar, S. P. Spencer, L. C. Steffes, V. R. Subramaniam, A. Swarup, M. Swift, K. J. Travaglini, W. Van Treuren, E. Trimm, S. Veizades, S. Vijayakumar, K. C. Vo, S. K. Vorperian, W. Wang, H. N. W. Weinstein, J. Winkler, T. T. H. Wu, J. Xie, A. R. Yung, Y. Zhang, A. M. Detweiler, H. Mekonen, N. F. Neff, R. V. Sit, M. Tan, J. Yan, G. R. Bean, V. Charu, E. Forgó, B. A. Martin, M. G. Ozawa, O. Silva, S. Y. Tan, A. Toland, V. N. P. Vemuri, S. Afik, K. Awayan, O. B. Botvinnik, A. Byrne, M. Chen, R. Dehghannasiri, A. M. Detweiler, A. Gayoso, A. A. Granados, Q. Li, G. Mahmoudabadi, A. McGeever, A. de Morree, J. E. Olivieri, M. Park, A. O. Pisco, N. Ravikumar, J. Salzman, G. Stanley, M. Swift, M. Tan, W. Tan, A. J. Tarashansky, R. Vanheusden, S. K. Vorperian, P. Wang, S. Wang, G. Xing, C. Xu, N. Yosef, M. Alcántara-Hernández, J. Antony, C. K. F. Chan, C. A. Chang, A. Colville, S. Crasta, R. Culver, L. Dethlefsen, C. Ezran, A. Gillich, Y. Hang, P.-Y. Ho, J. C. Irwin, S. Jang, A. M. Kershner, W. Kong, M. E. Kumar, A. H. Kuo, R. Leylek, S. Liu, G. B. Loeb, W.-J. Lu, J. S. Maltzman, R. J. Metzger, A. de Morree, P. Neuhöfer, K. Perez, R. Phansalkar, Z. Qi, P. Rao, H. Raquer-McKay, K. Sasagawa, B. Scott, R. Sinha, H. Song, S. P. Spencer, A. Swarup, M. Swift, K. J. Travaglini, E. Trimm, S. Veizades, S. Vijayakumar, B. Wang, W. Wang, J. Winkler, J. Xie, A. R. Yung, S. E. Artandi, P. A. Beachy, M. F. Clarke, L. C. Giudice, F. W. Huang, K. C. Huang, J. Idoyaga, S. K. Kim, M. Krasnow, C. S. Kuo, P. Nguyen, S. R. Quake, T. A. Rando, K. Red-Horse, J. Reiter, D. A. Relman, J. L. Sonnenburg, B. Wang, A. Wu, S. M. Wu, and T. Wyss-Coray

Cited in the paper.

Multiplexed single-cell transcriptional response profiling to define cancer vulnerabilities and therapeutic mechanism of action

J. M. McFarland, B. R. Paolella, A. Warren, K. Geiger-Schuller, T. Shibue, M. Rothberg, O. Kuksenko, W. N. Colgan, A. Jones, E. Chambers, D. Dionne, S. Bender, B. M. Wolpin, M. Ghandi, I. Tirosh, O. Rozenblatt-Rosen, J. A. Roth, T. R. Golub, A. Regev, A. J. Aguirre, F. Vazquez, and A. Tsherniak · 2041

Closest in time.

Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines

B. Hwang, J. H. Lee, and D. Bang · 2092

Closest in time.